1636年10月,由马萨诸塞海湾殖民地议会通过决议,拨款400英镑租校舍,筹建一所像英国剑桥大学那样的高等学府,据载有位年轻牧师约翰·哈佛是70名学院筹委会成员之一。1638年在马萨诸塞的“剑桥学院”正式招生,第一届学生共9名。1638年9月哈佛先生因肺病去世,临死前,将自己的全部图书,约400本和一半财产约780英镑捐献给学院,这是学院成立以来得到的最大一笔捐款。1639年3月,当地议会通过决议,为纪念办学经费的主要捐赠者约翰·哈佛先生,把这所学校改名为“哈佛学院”。
现在,政府的拨款是保证哈佛大学正常运作的先决条件,每年政府拨给哈佛的经费,41%流入医学院,29%流入公共卫生学院,21%流入文理学院。哈佛的科技项目经费主要来自联邦政府:其中77%是联邦政府所属的国家卫生研究院等机构提供、8%由国家自然科学基金会提供、4%由国防部提供。而在众多大学发展基金中,哈佛的年回报率是最佳的,最高可达21%,另外其资产规模亦是全最庞大的,截至2000年6月底,资产可达226亿美元,其中52%用于基础科学研究,约115亿美元。丰厚的资金保障了哈佛大学的正常运转,更为科研工作提供了最先进的环境和最充裕的科研经费。