1636年10月，由马萨诸塞海湾殖民地议会通过决议，拨款400英镑租校舍，筹建一所像英国剑桥大学那样的高等学府，据载有位年轻牧师约翰·哈佛是70名学院筹委会成员之一。1638年在马萨诸塞的“剑桥学院”正式招生，第一届学生共9名。1638年9月哈佛先生因肺病去世，临死前，将自己的全部图书，约400本和一半财产约780英镑捐献给学院，这是学院成立以来得到的最大一笔捐款。1639年3月，当地议会通过决议，为纪念办学经费的主要捐赠者约翰·哈佛先生，把这所学校改名为“哈佛学院”。
现在，政府的拨款是保证哈佛大学正常运作的先决条件，每年政府拨给哈佛的经费，41%流入医学院，29%流入公共卫生学院，21%流入文理学院。哈佛的科技项目经费主要来自联邦政府：其中77%是联邦政府所属的国家卫生研究院等机构提供、8%由国家自然科学基金会提供、4%由国防部提供。而在众多大学发展基金中，哈佛的年回报率是最佳的，最高可达21%，另外其资产规模亦是全最庞大的，截至2000年6月底，资产可达226亿美元，其中52%用于基础科学研究，约115亿美元。丰厚的资金保障了哈佛大学的正常运转，更为科研工作提供了最先进的环境和最充裕的科研经费。
